Ученые впервые выяснили 3D-структуру Т-клеточного рецептора человека с фрагментом коронавируса

Лаборатория трансплантационной иммунологии НМИЦ гематологии совместно с коллегами из США и Китая определила 3D-структуру коронавирусного Т-клеточного рецептора человека вместе с мишенью, прояснив механизм распознавания Т–лимфоцитами вируса SARS-CoV-2.

В своих более ранних работах руководитель управления биомедицинских технологий Григорий Ефимов и его коллеги определили фрагменты коронавируса (эпитопы), вызывающие Т-клеточный иммунный ответ у большинства людей. Конкретный набор фрагментов, на которые вирус расщепляется в клетках человека, определяется генетически: у одного человека Т-лимфоцитам показываются одни фрагменты, у другого — другие. Самый распространенный в европейской популяции вариант гена для демонстрации вирусных фрагментов Т-лимфоцитам — HLA–A*02:01. Почти 100 % людей с этим вариантом гена реагируют на эпитоп YLQ из спайк-белка коронавируса, поэтому иммунодоминантный YLQ был выбран в качестве мишени для получения 3D-структуры.

Проанализировав структуры рецепторов в комплексе с фрагментами коронавируса на ускорителе частиц Advanced Photon Source в Аргоннской национальной лаборатории (США), ученые нашли объяснения крайне высокой иммуногенности эпитопа YLQ.

Комплекс из Т-клеточного рецептора, молекулы YLQ из спайк-белка коронавируса, которую распознает этот рецептор, и белка, удерживающего YLQ. Daichao Wu et al./Nature Communications

Оказалось, что для распознавания YLQ Т–лимфоциты используют наиболее консервативную часть своего рецептора, которая представлена в геноме всех людей. Именно поэтому на фрагмент YLQ часто формируется иммунный ответ. Так наблюдаемая иммунодоминантность этого эпитопа получила научное объяснение.

Однако коронавирусу совершенно не выгодно узнавание иммунной системой человека, поэтому