Родился 25 мая 1964 года в Кривом Роге Днепропетровской области. Мать — Маргарита Борисовна Шефир (род. 23 февраля 1937), отец — Нахман Мейлахович Шефир, изобретатель.
Сергей Шефир — младший из двух детей в семье. Старший брат — Борис Шефир. Сергей закончил Криворожский горнорудный институт по специальности "Подземная механика".
Начинал свой творческий путь с игр КВН, где был не только участником, но и автором текстов для известных команд Высшей лиги начала "нулевых".