Лопухин в августе 1991-го стал заместителем министра экономики РСФСР. В течение пяти месяцев в 1991-1992 годах возглавлял министерство энергетики РСФСР, позднее — РФ.
На этом посту его сменил Виктор Черномырдин.В 1992 году был назначен внештатным советником главы правительства Егора Гайдара. С 1996 года — учредитель, президент ИК «Вангвард».